ပါမောက္ခချုပ်သည် YAU ၏အကြီးအကဲဖြစ်သည်။ တက္ကသိုလ်ရေးရာနှင့် ပါမောက္ခချုပ်ကို ပံ့ပိုးပေးသော ပါမောက္ခချုပ် နှစ်ဦး (ပညာရေးနှင့် စီမံခန့်ခွဲရေး) ရှိပါသည်။ YAU တွင် ပညာရေးနှင့် ပညာရေးမဟုတ်သော ဝန်ထမ်း ၆၀၀ ကျော်ရှိသည်။ အဝေးရောက်ကျောင်းဝင်းများ၏ အရေးကိစ္စများကို ပါမောက္ခချုပ်နှင့် ပါမောက္ခချုပ်များ ထိန်းချုပ်မှုအောက်တွင် ကျောင်းအုပ်ကြီးများက စီမံခန့်ခွဲသည်။ YAU ၏ ကြီးကြပ်မှု၊ ၎င်း၏မူဝါဒများနှင့် ကိစ္စရပ်များကို တက္ကသိုလ်၏ ပညာရေးနှင့် စီမံခန့်ခွဲရေး အဖွဲ့များက ဆောင်ရွက်သည်။ အဆိုပါအဖွဲ့များ၏ လုပ်ဆောင်ချက်အားလုံးသည် စိုက်ပျိုးရေး၊ မွေးမြူရေးနှင့် ဆည်မြောင်းဝန်ကြီးဌာန၊ ပညာရေးဝန်ကြီးဌာန၊ ဗဟိုပညာရေးကောင်စီနှင့် ပြည်ထောင်စုသမ္မတမြန်မာနိုင်ငံ တက္ကသိုလ်များနှင့် ကောလိပ်များ၏ ဗဟိုအုပ်ချုပ်ရေးကောင်စီတို့၏ နောက်ဆုံးခွင့်ပြုချက်ဖြစ်သည်။